Continuas intervenciones arqueológicas entre 1986 y 1992, patrocinadas por la Corona Española y el Comité del V Centenario del Descubrimiento de América, y en 1996, con el apoyo del Estado de Yucatán, en diferentes conjuntos residenciales de Oxkintok, han dado lugar a hallazgos de singular significado para la historia de la ciudad: una estera de palma, o “pop” en maya, signo de poder y autoridad, se descubrió pintada en el suelo de uno de sus más antiguos edificios, el CA-3; en otro de los cuartos se desenterró una tumba en cuyo ajuar funerario se recuperó una finísima máscara de jadeíta, única en el panorama arqueológico de Yucatán; el edificio tenia un dintel con una inscripción calendárica que lo sitúa en el año 487 d.C. En el Satunsat, desde el mismo instante en que se entra al laberinto por su única puerta, al poniente, uno puede sentir el temor de perderse. Después de adentrarse por sus intrincados pasadizos y niveles, los arqueólogos localizaron una cámara mortuoria con los restos de otro de los grandes señores de Oxkintok.
El Grupo May es el más restaurado del sitio. La estructura de su pirámide es otro laberinto, con paredes pintadas y decoradas que, en épocas posteriores, fue rellenada con grandes bloques para construir encima sus fases más tardías. Los hombres de piedra de Oxkintok están ubicados al extremo este del grupo Canul. Seres gordos, ataviados con vestidos decorados con cuerdas entrelazadas, chalecos de malla y pectorales zoomorfos, y que, a pesar de un saqueo indiscriminado –uno de ellos, extraído de su lugar literalmente a rebanadas, está en el Museo Nacional de Antropología de la Ciudad de México,– no han perdido la moral ni abandonado sus puestos de vigilancia.
Otro de los hallazgos importantes se realizó al restaurar el Juego de Pelota, allí apareció, fragmentado, el más enorme anillo con otra inscripción jeroglífica. Cerca del Juego una construcción de planta circular ha sido vista por algunos como un antiguo baño de vapor, usado a lo mejor para la purificación y limpieza de jugadores y parturientas.